Основу музею склала перша експозиція: «Забуттю не підлягає. Хроніка комуністичної інквізиції в Україні 1917—1991», яка була створена в 2001 році науковим відділом Київської міської організації товариства «Меморіал» імені Василя Стуса.

‍

У 2003 році експозиція була зареєстрована Міністерством освіти і культури України і з цього моменту функціонує як музей.

‍

Ідея створення музею, організація і активна участь у втіленні задуманого належить голові Київської організації Всеукраїнського товариства «Меморіал» імені Василя Стуса Роману Миколайовичу Круцику.

‍

30 листопада 2001 р. у приміщенні Київської міської організації товариства Меморіал імені Стуса була відкрита перша на пострадянському просторі музейна експозиція «Забуттю не підлягає: хроніка комуністичної інквізиції», яка відображає комуністичні злочини в Україні 1917—1991 рр.

‍

З часу відкриття експозиції Товариство розширило свою діяльність. Експозиція з пересувних стендів переросла в повноцінний музей, у якому крім наукової та пізнавальної, ведеться навчальна і виховна робота серед молоді. У музеї з'явилися нові експонати, експозиції «Київський мартіролог», «Українські Соловки», «Мовна експозиція». Зібрано колекцію архівних документів, сформована наукова бібліотека, відеотека науково-популярних фільмів тощо.

‍

З огляду на пропозиції членів Товариства, численні побажання відвідувачів і рішення Ради Товариства від 10.04.2007 р., протокол № 9, учасники Конференції, вирішили надати музею при Київській міській організації Товариства Меморіал імені Стуса назву «Музей радянської окупації України». Конференція також постановила раду і правлінню Товариства здійснити реєстрацію музею зі статусом громадського відповідно до Закону України Про музейну справу.

‍

Відомо, що одразу після повідомлення про відкриття Музею радянської окупації була здійснена хакерська атака на сайт київської організації Товариства Меморіал імені Василя Стуса.

‍

У травні 2011 р. Музей радянської окупації презентував експозицію «Народна війна», що висвітлює боротьбу українського народу проти більшовицької окупаційної влади в Україні. Експозиція є результатом більш як дворічної праці науковців Київського «Меморіалу» в архівах 18-ти областей України. В ній використано понад 300 світлин, багато з яких експонуються вперше.

‍

Навесні 2011 р. до Музею радянської окупації почали заглядати з перевірками службовці з Київської міської держадміністрації та СБУ. Приводом до такої активності послужив лист в дусі сталінських доносів від громадянки, яка як виявилося згодом вже два роки як пропала безвісти. Кореспонденти Української Правди у своєму дослідженні виявили, що цей лист є безумовною підробкою. Дивним також виглядає те, що державні органи навіть не збиралися встановити контакт з авторкою листа, але відразу взялися утискувати діяльність музею.

‍

Фонди музею складаються з копій документів різного рівня і відомчої приналежності архівів, включаючи розсекречені документи архіву Служби безпеки України, фотографій приватних осіб, спогадів та свідчень очевидців і їх родичів, відео і аудіо матеріалів.
В оцифрованому вигляді інформація музейного фонду перевищує 100 Гбайт.

‍

Виставка розміщена в трьох музейних залах.
В музеї для відвідувачів організовано тематичний показ матеріалів. Кількість тем на початок 2013 року наближається до десяти:

Забуттю не підлягає. Хроніка комуністичної інквізиції в Україні 1917—1991
• Народна війна
• Українські Соловки
• Київський мартиролог
• Втрачена пам'ять
• Мовна експозиція
• Зламані долі
• Нищення Духовності

‍

Кожна тема представляється в вигляді стендів або плакатів, на яких розміщені фото і документи, що розкривають суть теми. Інформація на плакатах доповнюється роз'ясненням екскурсовода або путівником (для самостійного перегляду), а також відеоматеріалами.

‍

Музей щороку відвідує до 15 тисяч осіб організованих груп шкільної та студентської молоді. Крім представників освітніх закладів столиці музей відвідують пересічні громадяни Києва та з різних регіонів України, а в 2009–2010 р.р. музей відвідали 7 груп студентів освітніх закладів Польщі, Італії, Франції, і країн Балтії.

‍

До послуг відвідувачів бібліотека, яка функціонує при Товаристві «Меморіал», із 4000 примірників книг, а також відеотека із 950 науково-популярних відеофільмів. Екскурсії організованим групам проводять 2 екскурсоводи (науковці товариства). Екскурсійний супровід та показ відеофільмів групам проводиться безкоштовно.

‍