Існує декілька легенд і наукових версій історії побудови храму Івана Хрестителя, в якому розташований Музей. За однією з них, храм міг бути збудований ще на початку ХІІІ ст. – у 1201 році князем Романом Мстиславичем на честь народження сина Данила Романовича, церковне ім’я якого – Іван (про це свідчить грамота Папи римського Інокентія ІV від 1246 року). Не виключено, що храм може бути першою кам’яною спорудою міста Львова. Також є версія про побудову храму після одруження князя Лева Даниловича з дочкою угорського короля Бели IV – Констанцією у 1247 році. Побутує навіть легенда про поховання тут Констанції.

‍

Перша письмова згадка про храм відноситься до 1371 року. До середини XIV ст. він очолював головну торгівельну площу княжого Львова – Старий Ринок.

‍

Споруда неодноразово перебудовувалась. З XVI ст. маємо зафіксовану згадку про бічні каплиці. Перебудови та реставраційні роботи проводились у 1650, 1836, 1855 та 1869 роках, а у 1883 дах покрили гонтою. У 1887 році завершено реставрацію будівлі за проектом архітектора Юліана Захарієвича. З 1978 по 1984 роки у храмі проводились архітектурні дослідження та реставраційні роботи під керівництвом Івана Могитича. Частково були залишені пізніші елементи перебудови і нашарування.

‍

У радянський період будівля храму належала лікарні, що розташована поруч, тут облаштували господарські приміщення. А 1993 року в храмі Івана Хрестителя відкрито Музей найдавніших пам’яток Львова у складі Львівської картинної галереї. Тепер експозиція музею формується з тематичних виставок, які стосуються історії давнього Львова та робіт сакрального характеру. Увагу відвідувачів привертають фрагменти стінопису, що були відкриті в процесі реставрації, їх датування дискусійне від XIII до XVI ст.

‍

До 1939 року служби в костелі відбувались раз на рік – на Різдво Івана Хрестителя. З 2009 року богослужіння УГКЦ в храмі проводяться щонеділі та у свята.

‍